Η  Γενική Διεύθυνση Εσωτερικής Λειτουργίας είναι αρμόδια για την ανάπτυξη και υποστήριξη της λειτουργίας των συστημάτων πληροφορικής και επικοινωνιών του φορέα, για τη διασφάλιση της τεχνικής και οργανωτικής διαλειτουργικότητας των συστημάτων της Περιφέρειας με αντίστοιχα συστήματα εθνικής εμβέλειας κεντρικών φορέων της Διοίκησης και για την ανάπτυξη και βελτίωση των υποδομών πληροφορικής και επικοινωνιών της Περιφέρειας, καθώς και των περιφερειακών υπηρεσιών της.
       Επίσης είναι αρμόδια για τη διοικητική υποστήριξη των υπηρεσιών της Περιφέρειας, για τη διαχείριση όλων των θεμάτων διοίκησης προσωπικού και των συλλογικών οργάνων της Περιφέρειας, για τη διενέργεια εκλογών, για την εκτίμηση των αναγκών των υπηρεσιών σε προσωπικό, και τέλος για την εισήγηση οργανωτικών μέτρων που είναι αναγκαία για τη βελτίωση της απόδοσης των υπηρεσιών της Περιφέρειας με στόχο την καλύτερη εξυπηρέτηση του πολίτη.
       Τέλος είναι αρμόδια για τη συγκέντρωση και επεξεργασία των αναγκαίων στοιχείων για την κατάρτιση, τροποποίηση και παρακολούθηση εκτέλεσης του προϋπολογισμού της Περιφέρειας, για την καταγραφή, αξιοποίηση και προστασία της περιουσίας ,για την πληρωμή κάθε είδους δαπάνης, για τη λογιστική και ταμειακή διαχείριση, για την εκκαθάριση της μισθοδοσίας και των πάσης φύσεως αποδοχών του προσωπικού και της αντιμισθίας των αιρετών εκπροσώπων, την κατάρτιση και εκτέλεση του προγράμματος προμηθειών και την τήρηση των απαιτούμενων αρχείων, βιβλίων και στοιχείων.